Néanmoins, après la cinquième saison, un téléfilm de deux heures sera diffusé en 2009 sur Sci-Fi. Il sera la suite directe du dernier épisode de la dernière saison. Ce téléfilm, qui sortira également en DVD, sera écrit par les producteurs éxecutifs de Stargate Atlantis, Joseph Mallozzi et Paul Mullie.

Sci-Fi et MGM envisagent même la production d'autres téléfilms si le premier est un succès, à l'instar de Stargate SG-1 qui s'est poursuivie après son annulation avec des téléfilms sortis cette année en DVD avec succès (Stargate: The Ark of Truth et Stargate: Continuum).

Ce n'est pas pour autant la fin des séries Stargate sur Sci-Fi puisque Brad Wright et Robert C. Cooper, les créateurs de la franchise télévisée, préparent actuellement Stargate Universe .

La série Stargate Atlantis est annulée malgré des audiences plutôt solides, notamment si l'on considère les enregistrements. En revanche, elle s'avère moins performante que les nouvelles productions de la chaîne telles que Eureka.

La cinquième saison est en cours de diffusion aux Etats-Unis. Elle devrait se clore en janvier 2009 outre-atlantique avec l'épisode Enemy at the Gate. Il se terminera d'ailleurs sur un cliffhanger qui sera résolu dans le premier téléfilm Atlantis.